Çanakkale Dardanelspor, Çanakkalespor olarak 1966 yılında üç amatör kulübün (Boğazspor, Türkgücü, Kalespor) birleşmesiyle, Kırmızı-Beyazlı renklerle kuruldu ve aynı yıl profesyonel olarak 3. Türkiye Futbol Lig'inde mücadele etmeye başladı.
Çanakkalespor adıyla 1981-1982 sezonunda şampiyon olarak bir yıL 2.Lig'de mücadele etti ve aynı yıl tekrar 3. lig'e düştü. Daha sonra 1986-1987 futbol sezonunda yeniden 2. Türkiye Lig'ine terfi eden Çanakkalespor bir yıl sonra tekrar 3. Lig'e düştü.
Mücadele ettiği yıllarda büyük ekonomik zorluklarla karşılaşan ve yönetici bulmakta zorluk çeken Çanakkalespor en güçlü dönemlerini 1991-1992 yıllarından ,sonra yaşadı. 1991-92 sezonunda Kulüp Başkanlığına getirilen Çanakkale Ticaret ve Sanayi Odası Başkanı ve Dardanel Şirketler Grubu Yönetim Kurulu Başkanı Niyazi ÖNEN'in başarılı çalışmaları sonucunda, ÇanakkaLe Dardanelspor adı ile ilk kez Türkiye 3. Futbol Liginde mücadele ederek lig'i 2. olarak tamamladı.
1992-93 fulbol sezonunda genç sporculara önem vererek ve transferlerini bu yönde yapan ÇanakkaLe Dardanelspor, aynı yıl 3. lig 9. grupta lig şampiyonu olarak 2. Lig'e yükseldi. Aynı yıl ligde gösterdiği başarıyı Türkiye Kupasında da gösteren Kırmızı-BeyazLı ekip Çeyrek finale kadar yükselerek Galatasaray ile karşılaştı ve rakibine Ali Sami Yen stadında 2-0 yenilmesine rağmen Türk kamuoyunda büyük sempati kazandı.
1993-1994 futbol sezonunda 2. Lig 2. Grupta yine Lig'e şampiyonluk hedefi iLe başlayan Çanakkale Dardanelspor, Play Off'a kalamamasına rağmen, Klasman Grubunu Lider bitirerek, Ankara'da yapılan 1. Lig'e terfi müsaabakalarına katılmayı haketti. İlk turda Erzurumspor'u 2-0 yenerek finale kaLan ÇanakkaLe Dardanelspor, finalde çok güzel bir futbol oynamasına rağmen rakibine 2- 1 'lik bir sonuçla yenilerek 1. Lig kapısından döndü.
1994-1995 sezonunda genç ve 1. lig tecrübesine sahip bir çok futbolcuyu kadrosuna dahil eden Çanakkale Dardanelspor tıpkı 1993-1994 futbol sezonunda olduğu gibi Play Off'a kalamadı. Ancak 2. lig 1. grupta1. sırayı alarak Konya'da yapılan 1. lig'e terfi müsabakalarına katılmayı hakketti. İlk turda Boluspor ile karşılaşan kırmızı beyazlı ekip rakibini 3-0 lık net bir sonuçla geçerken 2. turda karşılaştığı Aydınspor'a şanssız bir şekilde yenilerek çok yaklaştığı 1. lig şansını yine kaçırdı. 1995-1996 sezonunda Çanakkale ve Türkiye spor tarihindeki 30 yıllık spor tarihinde dönüm noktasını oluşturan başarı geldi.
Play Off'a yükselme başarısı gösteren Çanakkale Dardanel Mersin deplasmanından 3-0 lık net bir sonuçla dönerek 1. Türkiye Lig'inin 1996-1997 sezonundaki yeni ekibi oldu. 1996-1997 sezonunda bir büyük hamle daha yapan Dardanel şirketleşti. Şirketin adi Dardanelspor faaliyetleri A.Ş. oldu.Alt yapısına daha fazla önem veren Dardanelspor ülkeyi tarayarak kabiliyetli umut vadeden futbolcuları kadrosuna kazanırken Barbaros antreman sahasınıda tesisleri arasına kattı.Yükselen takımların % 95 inin tutunamayıp aynı yıl içinde veda etmek zorunda kaldığı 1.Türkiye Liginde kalma başarısını gösteren takımımız ligi 36 puan la 14.sırada tamamlayarak hedefine ulaştı.1997-1998 sezonunda çıtayı yükselten Dardanelsporun hedefi ligi 9-12 sıralar arasında tamamlamaktı.
Genç Dardanel bunu da başararak 97-98 sezonunda 42 puanla 12.sırada tamamlayarak 1.ligde kalıcı olduğunu kanıtladı.Sezon sonunda teknik direktör Erdoğan Arıca'nın yerine Erol Tok'u alan Dardanelspor prensip olarak mevcut iskelet kadrosunu koruma kararı aldı.
Barbaros sahasındaki yapılacak olan tesislerin temelide 97-98 sezonunda Başbakan sayın Mesut Yılmaz tarafından atılırken stadımızın ışıklandırmasıda temmuz 98 de tamamlandı.Bolu Gerede'de 26 kişilik kadrosuyla kamp yapan takımımızın 98-99 yılı hedefi ligi 6-10 .sıralar arasında tamamlamaktı.29 Temmuz da İstanbulspor maçı ile sezon açılışı yapan takımımız özellikle ligin ilk yarısında istenen performansı gösteremedi.Bu da yeni transfer ve teknik kadroda degisiklere neden oldu Mitroviç-Rasim Kara-Yılmaz Vural ile çalışıldı.
Ancak 1998-99 sezonu hüsranla bitti ve takımımız 3 yıl sonra tekrar 2.lige düştü.Yönetim ve başkan Önen azimle çalışmaya devam ederek 2.ligde şampiyonluğa ulaşacak yeni bir kadro oluşturuldu teknik heyetin başına Şenol Ustaömer getirildi...Hedef tekrar 1.lig!!! Takımımıza 1999-2000 sezonunda basarılar diliyoruz..
Yeni sezonda (99-2000) play-off gurubuna kalan takımımız Fuat Yaman-Fatih Uraz ikilisini teknik kadroya getirirken play-off ilk dönemini lider kapatan dardanel oyunculardan Ufuk ve Tolganın sakatlanması ve basarısız neticelerle ilk 5 e giremeden sezonu kapattı.
2000-2001 sezonu için Fuat Yaman - Feyyaz Uçar ikilisi ile anlaşan kulüp yönetimi takımda gençleştirme operasyonunu yaparak ileriye güvenle bakabilmemiz için çekirdek kadroyu oluşturdu.Ancak arzulanan neticeye bu sezonda ulaşılamadı takım Sakaryaspor un arkasında 2.lig klasman gurubunu 2.olarak tamamlayınca teknik ekip görevden ayrıldı.
2001-2002 sezonunda 2.lig A gurubunda mücadele verecek olan Dardanelspor yaptığı genel kurulla yeni yöneticilerini belirleyerek transfer çalışmalarına başladı.